小分子RNA酶抑制剂和使用方法

IPC分类号 : A61K31/535,A01N43/54,C07D277/00

申请号

CN201280015124.6

可选规格: 数量

库存1件

确认取消

￥30000; 库存1件

首页

立即咨询

看了又看

专利摘要

本文描述了细菌核糖核酸酶(例如RnpA)的小分子抑制剂以及它们的合成和使用方法。使用所述化合物的方法包括治疗和预防微生物感染以及抑制细菌核糖核酸酶。

权利要求

1.一种治疗或预防受试者的微生物感染的方法，所述方法包括向所述受试者施用有效量的具有以下结构的RNA酶抑制剂：

或其药学上可接受的盐或前药，其中：

Ar是取代的或未取代的芳基或取代的或未取代的杂芳基；

L是

或其中X¹和X²各自独立地是O或S，并且其中X³是CH₂或NH；且

R¹、R²、R³、R⁴、R⁵和R⁶各自独立地选自氢、卤素、羟基、氰基、硝基、取代的或未取代的氨基、取代的或未取代的烷基、取代的或未取代的杂烷基、取代的或未取代的烯基、取代的或未取代的杂烯基、取代的或未取代的炔基、取代的或未取代的杂炔基、取代的或未取代的芳基、取代的或未取代的杂芳基、取代的或未取代的烷氧基、取代的或未取代的芳氧基或取代的或未取代的羧基。

2.如权利要求1所述的方法，其中Ar选自由以下组成的组：取代的或未取代的呋喃、取代的或未取代的噻吩或取代的或未取代的苯基。

3.如权利要求1所述的方法，其中所述RNA酶抑制剂是

4.一种治疗或预防受试者的微生物感染的方法，所述方法包括向所述受试者施用有效量的具有以下结构的RNA酶抑制剂：

或其药学上可接受的盐或前药，其中：

A¹、A²、A³、A⁴和A⁵各自独立地选自N和CR¹；

R¹、R²和R³各自独立地选自氢、卤素、羟基、氰基、硝基、取代的或未取代的氨基、取代的或未取代的烷基、取代的或未取代的杂烷基、取代的或未取代的烯基、取代的或未取代的杂烯基、取代的或未取代的炔基、取代的或未取代的杂炔基、取代的或未取代的芳基、取代的或未取代的杂芳基、取代的或未取代的烷氧基、取代的或未取代的芳氧基或取代的或未取代的羧基；

R⁴和R⁵各自独立地选自氢、取代的或未取代的烷基、取代的或未取代的杂烷基、取代的或未取代的烯基、取代的或未取代的杂烯基、取代的或未取代的炔基或取代的或未取代的杂烷基；且

Y是O、S或NR⁵。

5.如权利要求4所述的方法，其中所述RNA酶抑制剂是

6.如权利要求1至5中任一项所述的方法，其中所述微生物感染是细菌感染。

7.如权利要求6所述的方法，其中所述细菌感染是革兰氏阳性细菌感染。

8.如权利要求6所述的方法，其中所述细菌感染是葡萄球菌感染。

9.如权利要求6所述的方法，其中所述细菌感染是金黄色葡萄球菌感染。

10.如权利要求9所述的方法，其中所述金黄色葡萄球菌感染是耐药性金黄色葡萄球菌感染。

11.如权利要求9所述的方法，其中所述金黄色葡萄球菌感染是生物膜相关的金黄色葡萄球菌感染。

12.如权利要求1至11中任一项所述的方法，其中所述RNA酶抑制剂是RnpA抑制剂。

13.如权利要求1至11中任一项所述的方法，所述方法进一步包括施用第二化合物，其中所述第二化合物是抗菌化合物。

14.一种抑制细菌核糖核酸酶的方法，所述方法包括使所述细菌核糖核酸酶与有效量的具有以下结构的RNA酶抑制剂或其药学上可接受的盐或前药接触：

其中：

Ar是取代的或未取代的芳基或取代的或未取代的杂芳基；

L是

或其中X¹和X²各自独立地是O或S，并且其中X³是CH₂或NH；且

15.一种抑制细菌核糖核酸酶的方法，所述方法包括使所述细菌核糖核酸酶与有效量的具有以下结构的RNA酶抑制剂或其药学上可接受的盐或前药接触：

其中：

A¹、A²、A³、A⁴和A⁵各自独立地选自N和CR¹；

Y是O、S或NR⁵。

16.如权利要求14或15所述的方法，其中所述细菌核糖核酸酶是金黄色葡萄球菌RNA酶P。

17.如权利要求14或15所述的方法，其中所述细菌核糖核酸酶是RnpA。

18.如权利要求1至17中任一项所述的方法，其中所述接触发生在体内。

19.如权利要求1至17中任一项所述的方法，其中所述接触发生在体外。

20.一种化合物，其具有以下结构：

或其药学上可接受的盐或前药，其中：

Ar是取代的或未取代的芳基或取代的或未取代的杂芳基；

L是

或其中X¹和X²各自独立地是O或S，并且其中X³是CH₂或NH；且

其中如果R¹和R²是甲基，R³、R⁴、R⁵和R⁶是氢，并且Ar是未取代的呋喃，那么L不是

21.一种化合物，其具有以下结构：

或其药学上可接受的盐或前药，其中：

A¹、A²、A³、A⁴和A⁵各自独立地选自N和CR¹；

Y是O、S或NR⁵，

其中如果A¹、A²、A⁴和A⁵是CH，R²和R³是氢，A³是CCl，并且Y是S，那么R⁴不是-CH₂CH₂CO₂H。

22.一种组合物，其包含一种或多种如权利要求20或21所述的化合物和药学上可接受的载体。

说明书

优先权申请的交叉引用

本申请要求2011年1月26日提交的美国临时申请号61／436,342的优先权，所述申请以引用的方式整体并入本文。

领域

本文中公开的主题大体涉及细菌核糖核酸酶(RNA酶)的小分子抑制剂以及它们的制备方法。此外，本文中描述的主题大体涉及使用本文中描述的小分子抑制剂来治疗和预防微生物感染的方法。

背景

金黄色葡萄球菌(staphylococcus aureus)感染往往会牵涉高的发病率和死亡率(参见Shorr等，Crit Care Med，34：2588-2595(2006))。实际上，有报道估计在2005年所述生物体导致美国人的死亡数比HIV／AIDS更多(参见Bancroft，E.A.，Jama，298：1803-1804(2007)；Klevens等，Jama，298：1763-1771(2007))。耐万古霉素(vancomycin-resistant)、耐甲氧西林(methicillin-resistant)、耐多种药物和超毒力菌株的出现进一步增强了对新型抗生素的需要(参见Appelbaum，P.C.，Int JAntimicrob Agents，30：398-408(2007)；Zetola等，Lancet Infect Dis，5：275-286(2005))。细菌RNA加工和降解是需要的细胞过程，它们可用于抗微生物药物的发现。

对细菌RNA降解的许多了解是来自大肠杆菌(Escherichia coli)的研究，其中大量mRNA衰变(bulk mRNA decay)被认为是由全酶复合物(RNA降解体)催化的，所述全酶复合物由至少四个亚单元组成：RNA酶E(rne)、RNA解旋酶(rhlB)、烯醇酶(eno)和PNPase(pnpA)(参见Carpousis，A.J.，Annu Rev Microbiol，61：71-87(2007))。RNA酶E是必需的核糖核酸酶并且是降解体复合物的关键组分。它充当RNA降解体的其它成员组装的支架并且在底物降解期间催化初始的内核糖核酸分解事件(endoribonucleolytic event)(参见Mackie，G.A.，Nature，395：720-723(1998)；Vanzo等，Genes Dev，12：2770-2781(1998))。从它的本质上讲，可以认为RNA酶E是抗生素药物发现的一个适当的靶标。然而，许多革兰氏阳性细菌(Gram-positive bacteria)(包括金黄色葡萄球菌(S.aureus))缺少RNA酶E氨基酸直系同源基因(参见Condon，C.，Microbiol Mol BiolRev，67：157-174(2003))。因此，它门的降解组分和mRNA衰变机制较少被了解。

最近的研究表明，至少两种核糖核酸酶(RNA酶J1和RNA酶Y)促进枯草杆菌(Bacillus subtilis)以及推测的其它革兰氏阳性细菌内的大量mRNA降解。枯草杆菌核糖核酸酶J1是一种双功能的核糖核酸酶，它具有5′核酸外切酶和核酸内切酶活性，在体外介导mRNA降解(参见Even等，Nuc，eic Acids Res，33：2141-2152(2005)；Mathy等，Cell，129：681-692(2007))。还发现所述酶与烯醇酶(大肠杆菌RNA降解体的一种组分)相互作用，并且RNA酶J1耗尽的枯草杆菌菌株显示mRNA衰变适度减少，表明它可能是大肠杆菌RNA酶E的功能等效物(参见Even等，Nucleic Acids Res，33：2141-2152(2005)；Commichau等，Mol Cell Proteomics，8：1350-1360(2009)；Mader等，Mol Microbiol，70：183-196(2008))。然而，mRNA转换仍然在RNA酶J1减少的细胞中发生，并且含有5′强发夹结构的RNA物质不可被所述酶有效降解，表明其它因素可能促进枯草杆菌细胞RNA降解(参见Yao等，Rna，15：2331-2339(2009))。核糖核酸酶Y是最近鉴别出的核酸内切酶，它可能在表面上与RNA酶J1协同起作用来介导大量RNA衰变。RNA酶Y可以裂解含有高阶二级结构的mRNA分子并且全面影响细胞信使RNA转换(参见Shahbabian等，Embo J，28：3523-3533(2009))。RNA酶J1和RNA酶Y都是必需的酶，并且在那一方面，可被认为是抗微生物药物发现的靶标(参见Kobayashi等，Proc Nad Acad Sci USA，100：4678-4683(2003))。然而，有待观察RNA酶J1、RNA酶Y和／或先前未表征的核糖核酸酶是否调控金黄色葡萄球菌内的mRNA衰变。

概述

正如本文中体现和广泛描述的，根据所公开的物质、化合物、组合物、套件和方法的目的，所公开的主题涉及组合物、制备所述组合物的方法和使用所述组合物的方法。更具体来说，本文中提供适用作细菌核糖核酸酶(RNA酶)抑制剂的化合物和组合物。一类RNA酶抑制剂包括具有下式的化合物：

和其药学上可接受的盐和前药。在这些化合物中，Ar是取代的或未取代的芳基或取代的或未取代的杂芳基；L是

或其中X¹和X²各自独立地是O或S，并且其中X³是CH₂或NH；并且R¹、R²、R³、R⁴、R⁵和R⁶各自独立地选自氢、卤素、羟基、氰基、硝基、取代的或未取代的氨基、取代的或未取代的烷基、取代的或未取代的杂烷基、取代的或未取代的烯基、取代的或未取代的杂烯基、取代的或未取代的炔基、取代的或未取代的杂炔基、取代的或未取代的芳基、取代的或未取代的杂芳基、取代的或未取代的烷氧基、取代的或未取代的芳氧基或取代的或未取代的羧基。在这类化合物中，如果R¹和R²是甲基，R³、R⁴、R⁵和R⁶是氢，并且Ar是未取代的呋喃，那么L不是

一类RNA酶抑制剂包括具有以下结构的化合物：具有以下结构的化合物：

和其药学上可接受的盐和前药。在这些化合物中，A¹、A²、A³、A⁴和A⁵各自独立地选自N和CR¹；R¹、R²和R³各自独立地选自氢、卤素、羟基、氰基、硝基、取代的或未取代的氨基、取代的或未取代的烷基、取代的或未取代的杂烷基、取代的或未取代的烯基、取代的或未取代的杂烯基、取代的或未取代的炔基、取代的或未取代的杂炔基、取代的或未取代的芳基、取代的或未取代的杂芳基、取代的或未取代的烷氧基、取代的或未取代的芳氧基或取代的或未取代的羧基；R⁴和R⁵各自独立地选自氢、取代的或未取代的烷基、取代的或未取代的杂烷基、取代的或未取代的烯基、取代的或未取代的杂烯基、取代的或未取代的炔基或取代的或未取代的杂烷基；并且Y是O、S或NR⁵。在这类化合物中，如果A¹、A²、A⁴和A⁵是CH，R²和R³是氢，A³是CCl，并且Y是S，那么R⁴不是-CH₂CH₂CO₂H。

本文还提供包括一种或多种如上所述的化合物和药学上可接受的载体的组合物。

本文进一步提供治疗或预防受试者的微生物感染的方法。在一些实施方案中，所述方法包括向受试者施用有效量的具有以下结构的RNA酶抑制剂：

或其药学上可接受的盐或前药。在这些化合物中，Ar是取代的或未取代的芳基或取代的或未取代的杂芳基；L是

或其中X¹和X²各自独立地是O或S，并且其中X³是CH₂或NH；并且R¹、R²、R³、R⁴、R⁵和R⁶各自独立地选自氢、卤素、羟基、氰基、硝基、取代的或未取代的氨基、取代的或未取代的烷基、取代的或未取代的杂烷基、取代的或未取代的烯基、取代的或未取代的杂烯基、取代的或未取代的炔基、取代的或未取代的杂炔基、取代的或未取代的芳基、取代的或未取代的杂芳基、取代的或未取代的烷氧基、取代的或未取代的芳氧基或取代的或未取代的羧基。任选地，Ar可以选自由以下组成的组：取代的或未取代的呋喃、取代的或未取代的噻吩或取代的或未取代的苯基。在一些实例中，RNA酶抑制剂是

在其它实施方案中，治疗或预防受试者的微生物感染的方法包括向所述受试者施用有效量的具有以下结构的RNA酶抑制剂：

或其药学上可接受的盐或前药。在这些化合物中，A¹、A²、A³、A⁴和A⁵各自独立地选自N和CR¹；R¹、R²和R³各自独立地选自氢、卤素、羟基、氰基、硝基、取代的或未取代的氨基、取代的或未取代的烷基、取代的或未取代的杂烷基、取代的或未取代的烯基、取代的或未取代的杂烯基、取代的或未取代的炔基、取代的或未取代的杂炔基、取代的或未取代的芳基、取代的或未取代的杂芳基、取代的或未取代的烷氧基、取代的或未取代的芳氧基或取代的或未取代的羧基；R⁴和R⁵各自独立地选自氢、取代的或未取代的烷基、取代的或未取代的杂烷基、取代的或未取代的烯基、取代的或未取代的杂烯基、取代的或未取代的炔基或取代的或未取代的杂烷基；并且Y是O、S或NR⁵。在一些实例中，RNA酶抑制剂是

在一些实施方案中，微生物感染是细菌感染。细菌感染可以是例如革兰氏阳性细菌感染。任选地，细菌感染是葡萄球菌(Staphylococcus)感染，例如像金黄色葡萄球菌感染。金黄色葡萄球菌感染可以是耐药性金黄色葡萄球菌感染或生物膜相关的金黄色葡萄球菌感染。在一些实例中，RNA酶抑制剂是RnpA抑制剂。任选地，所述方法可以进一步包括向受试者施用第二化合物，其中所述第二化合物是抗菌化合物。

本文中还提供抑制细菌核糖核酸酶的方法，所述方法包括使所述细菌核糖核酸酶与有效量的RNA酶抑制剂接触。在一些实施方案中，所述RNA酶抑制剂是具有以下结构的化合物：

或其药学上可接受的盐或前药。在这些化合物中，Ar是取代的或未取代的芳基或取代的或未取代的杂芳基；L是

在其它实施方案中，RNA酶抑制剂是具有以下结构的化合物：

任选地，细菌核糖核酸酶是金黄色葡萄球菌RNA酶P的蛋白质组分(例如，RnpA)。所述接触可以发生在例如体内或体外。

其它优点将部分在随后的描述中阐述，并且部分根据所述描述将是显而易见的，或可以通过实践下面描述的方面知悉。借助于随附的权利要求书中特别指出的要素和组合，将认识和实现下面描述的优点。应理解，上述一般描述和以下详细描述都只是示例和说明，而不作限制。

附图简述

图1是示出以下的图：在指数期生长和／或静止期生长期间(X轴)具有≤2.5分钟、5分钟、15分钟、30分钟或>30分钟的半衰期的可检测mRNA物质的百分比(Y轴)。

图2显示金黄色葡萄球菌RnpA催化rRNA和mRNA消化。图A是纯化的重组型金黄色葡萄球菌RnpA的SDS-PAGE；示出分子标记(色带M)、2.5μg洗脱产物和25μg洗脱产物(分别是色带1和色带2)。图B描绘在不存在(-)或存在(+)50pmol的各种假定的核糖核酸酶(指定的)的1X反应缓冲液(2mM NaCl、2mM MgCl₂、50mM Tris-HCl，pH6.0)中孵育60分钟之后，1μg总金黄色葡萄球菌RNA的凝胶迁移率。图C展示在不存在(0pmol)或存在指定量的RnpA蛋白的1X反应缓冲液中孵育60分钟之后，0.5pmol体外转录的spa mRNA的迁移率。示出了分子量标记(M)。图D示出在不存在(-)或存在(+)50pmol RnpA或RNA酶J1以及不存在(只有血清)或存在1μg、2.5μg、5μg、10μg或20μg RnpA多克隆抗体下，2μg体外转录的spa mRNA的逆转录介导的PCR产物。图E示出在转录中止后0分钟(X轴)和10分钟(Y轴)在GeneChip上测量的所有mRNA物质的经过绘图的测量结果。灰色虚线指示各个样品的灵敏度下限。

图3，图A描绘含有载体(pCN51；菱形)、rnpA正义RNA(pRNPA-S；三角形)和rnpA反义RNA(pRNPA-A.S.；正方形)的金黄色葡萄球菌菌株RN4220当在10μM CdCl₂存在下生长时的生长特征图(光学密度；Y轴)。图B示出在2.5μM CdCl₂存在下生长的金黄色葡萄球菌菌株RN4220pCN51(载体)、RN4220pRNPA(过表达者)和RN4220pRNPA-A.S.(耗尽RnpA的)细胞的蛋白质印迹(Western blotting)结果。

图4示出针对所有美国耐甲氧西林金黄色葡萄球菌系和其它生物体进行RnpA抑制、表观IC50测量值和中值最小抑制浓度(MIC)测试的化合物的结构。

图5示出用1倍、2倍或4倍指定化合物的MIC值激发的HepG2细胞的细胞毒性测定结果。用DMSA处理的HepG2细胞充当阴性对照(HepG2)并且用丝裂霉素C(5μg/m1或10μg/m1)处理的细胞充当阳性对照。

详细描述

本文中提供细菌RnpA相关的核糖核酸酶(RNA酶)活性的小分子抑制剂、它们的制备方法以及它们在治疗和预防微生物感染中的使用方法。所述小分子抑制剂利用新型的治疗微生物感染(如金黄色葡萄球菌)的机制，其涉及必需的金黄色葡萄球菌蛋白、RnpA、催化rRNA和mRNA消化。这种机制在过去没有被知晓或开发。利用这种活性，采用高通量和次级筛选测定来鉴别RnpA介导的RNA降解的小分子抑制剂。这些药剂限制细胞mRNA降解并且针对一些微生物显示抗微生物活性，这些微生物包括遍及美国传播的优势的耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)系、万古霉素中敏金黄色葡萄球菌(vancomycin intermediate susceptible S.aureus；VISA)、耐万古霉素金黄色葡萄球菌(VRSA)和RnpA氨基酸高度保守的其它革兰氏阳性细菌病原体(参见McDougal等，J Clin Microbiol，41：5113-5120(2003))。如本文中提供的，RnpA抑制剂在全身性小鼠感染模型中限制疾病并且针对生物膜相关的金黄色葡萄球菌具有抗微生物活性。总而言之，这些发现表明RnpA在金黄色葡萄球菌RNA降解中发挥作用，证明高通量筛选可以用于鉴别mRNA转换抑制剂，并且为基于RNA分解代谢的抗微生物疗法提供原理证据。

通过参考公开主题的特定方面的以下详细描述和其中包括的实施例，可以更容易地理解本文中描述的物质、化合物、组合物、物品和方法。

在公开和描述本发明的物质、化合物、组合物、套件和方法之前，应理解下面描述的方面不限于特定的合成方法或特定的试剂，因此当然可以变化。还应理解，本文中使用的术语仅仅是为了描述具体的方面而不希望进行限制。

此外，贯穿本说明书参考了多种出版物。为了更充分地描述所公开之物的所属领域的现状，将这些出版物的公开内容以引用的方式整体并入本申请。由于在参考文献所依赖的句子中讨论的包含于这些参考文献中的物质，公开的参考文献也单独地并且特定地以引用的方式并入本文。

一般定义

在本说明书和随后的权利要求书中，将会提及若干术语，这些术语应被定义为具有以下含义：

贯穿本说明书的描述和权利要求书，词语“包含(comprise)”和所述词语的其它形式，如“包含(comprising)”和“包含(comprises)”表示包括但不限于并且不希望排除例如其它添加剂、组分、整数或步骤。

除非上下文另外明确规定，否则在描述和随附的权利要求书中使用的单数形式“一个／种(a／an)”和“所述(the)”包括多个指示物。因此，例如，提及“一种组合物”包括两种或更多种这些组合物的混合物，提及“所述化合物”包括两种或更多种这些化合物的混合物，等。

“任选的”或“任选地”表示随后描述的事件或情形可以发生或可以不发生，并且所述描述包括所述事件或情形发生的情况和不发生的情况。

在本文中，范围可以表示为从“约”一个具体值和／或至“约”另一个具体值。当表示这样一个范围时，另一个方面包括从一个具体值和／或至其它具体值。类似地，当值通过使用先行词“约”被表示为近似值时，应理解所述具体值形成另一方面。应进一步理解，每个范围的端点相对于其它端点都是有意义的，并且独立于其它端点。还应理解，本文中公开了若干值，并且除了所述值本身之外，每个值还在本文中公开为“约”那个具体值。例如，如果公开值“10”，那么还公开“约10”。还应理解，当一个值被公开时，那么还公开了“小于或等于”所述值、“大于或等于所述值”和介于值之间的可能范围，本领域技术人员可恰当地理解这一点。例如，如果公开了值“10”，那么还公开了“小于或等于10”以及“大于或等于10”。还应理解，贯穿本申请，数据是以若干不同形式提供的，并且这数据表示端点和起点以及所述数据点的任何组合的范围。例如，如果公开具体数据点“10”和具体数据点“15”，应理解认为公开了大于、大于或等于、小于、小于或等于以及等于10和15，以及公开了10和15之间。还应理解，还公开了介于两个具体单元之间的每个单元。例如，如果公开了10和15，那么还公开了11、12、13和14。

本文中使用的“受试者”表示个体。因此，“受试者”可以包括驯化动物(例如，猫、狗等)、家畜(例如，牛、马、猪、绵羊、山羊等)、实验室动物(例如，小鼠、兔、大鼠、豚鼠等)和禽类。“受试者”还可以包括哺乳动物，如灵长类动物或人。

“减少(reduce)”或所述词语的其它形式，如“减少(reducing)”或“减少(reduction)”表示事件或特征(例如，细菌感染)的降低。应理解，这通常是相对于一些标准或预期值，换句话说，它是相对的，但是它对于待提及的标准或相对值来说并不总是必需的。例如，“减少细菌感染”表示相对于标准或对照减少细菌感染的传播。

“预防(prevent)”或所述词语的其它形式，如“预防(preventing)”或“预防(prevention)”表示终止具体的事件或特征，稳定或延迟具体事件或特征的发展或进展，或使具体事件或特征发生的机会最小化。预防不需要与对照比较，因为它通常比例如减少更绝对。如本文中使用的，某事可以被减少但不可预防，但是被减少的某事也可以得到预防。同样地，某事可以被预防但是不可减少，但是被预防的某事也可以得到减少。应理解，使用减少或预防时，除非特别指出，否则也明确地公开其它词语的使用。

“治疗(treat)”或所述词语的其它形式，如“经过治疗的(treated)”或“治疗(treatment)”表示为了减少、预防、抑制或消除具体的特征或事件(例如，肿瘤生长或存活)而施用某组合物或执行方法。术语“控制”可与术语“治疗”同义使用。

“抗微生物”表示以任何浓度治疗或控制(例如，减少、预防、抑制或消除)微生物生长的能力。类似地，术语“抗菌”是指以任何浓度治疗或控制细胞细菌生长的能力。

应理解，贯穿本说明书，使用标识符“第一”和“第二”仅仅是为了帮助区分公开的主题的各种组分和步骤。标识符“第一”和“第二”不希望暗含由这些术语修饰的组分或步骤的任何具体的顺序、量、优先性或重要性。

化学定义

本文中使用的术语“取代的”预期包括有机化合物的所有可允许的取代基。在一个广泛的方面，可允许的取代基包括有机化合物的非环状和环状、支链和非支链、碳环和杂环以及芳族和非芳族取代基。说明性的取代基包括例如下面描述的取代基。对于适当的有机化合物，可允许的取代基可以是一个或多个以及相同或不同的。为了本公开的目的，杂原子，如氮，可以具有氢取代基和／或满足杂原子化合价的本文中描述的有机化合物的任何可允许的取代基。本公开不希望以任何方式受有机化合物的可允许的取代基的限制。此外，术语“取代”或“被...取代”包括隐含条件，即这种取代符合被取代原子和取代基的允许化合价，并且取代产生稳定化合物，例如不会自发地如通过重排、环化、消除等进行转化的化合物。

“Z¹”、“Z²”、“Z³”和“Z⁴”在本文中用作表示多种特定取代基的通用符号。这些符号可以是任何取代基，不局限于本文中公开的那些，并且当它们在一种情况下被定义为某些取代基时，在另一种情况下，它们可以被定义为一些其它取代基。

本文中使用的术语“脂肪基”是指非芳族烃基并且包括支链和非支链的烷基、烯基或炔基。

本文中使用的术语“烷基”是具有1至24个碳原子的支链或非支链饱和烃基，如甲基、乙基、正丙基、异丙基、正丁基、异丁基、叔丁基、戊基、己基、庚基、辛基、壬基、癸基、十二烷基、十四烷基、十六烷基、二十烷基、二十四烷基等。烷基也可以是取代的或未取代的。烷基可以被一个或多个基团取代，这些基团包括但不限于烷基、卤代烷基、烷氧基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、醛、氨基、羧酸、酯、醚、卤化物、羟基、酮、硝基、硅烷基、磺基-氧代(sulfo-oxo)、磺酰基、砜、亚砜或巯基，如下所述。

贯穿本说明书，“烷基”通常用于指未取代的烷基和取代的烷基；然而，在本文中取代的烷基也通过鉴别在所述烷基上的特定取代基来特定地提及。例如，术语“卤代烷基”特定地指被一个或多个卤素(例如氟、氯、溴或碘)取代的烷基。术语“烷氧基烷基”特定地指被一个或多个如下所述的烷氧基取代的烷基。术语“烷氨基”特定地指被一个或多个如下所述的氨基取代的烷基，等。当在一种情况下使用“烷基”并且在另一种情况下使用如“烷基醇”的特定术语时，它不意味着暗示术语“烷基”不也是指如“烷基醇”等的特定术语。

这一惯例也适用于本文中描述的其它基团。也就是说，虽然如“环烷基”的术语同时指未取代的和取代的环烷基部分，但是取代的部分可以此外在本文中被特定地鉴别；例如，具体的取代的环烷基可被称为例如“烷基环烷基”。类似地，取代的烷氧基可被特定地称为例如“卤代烷氧基”，具体的取代的烯基可被称为例如“烯基醇”等。此外，使用一般术语(如“环烷基”)和特定术语(如“烷基环烷基”)这一惯例不意味着暗示一般术语不会也包括特定术语。

本文中使用的术语“烷氧基”是通过单个末端醚键结合的烷基；也就是说，“烷氧基”可被定义为-OZ¹，其中Z¹是如上定义的烷基。

本文中使用的术语“烯基”是具有2至24个碳原子的结构式含有至少一个碳碳双键的烃基。如(Z¹Z²)C＝C(Z³Z⁴)的不对称结构意图同时包括E异构体和Z异构体。这可以在存在不对称烯烃的本文结构式中推测出，或它可以通过键符号C=C明确指示。烯基可以被一个或多个基团取代，这些基团包括但不限于烷基、卤代烷基、烷氧基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、醛、氨基、羧酸、酯、醚、卤化物、羟基、酮、硝基、硅烷基、磺基-氧代、磺酰基、砜、亚砜或巯基，如下所述。

本文中使用的术语“炔基”是具有2至24个碳原子的结构式含有至少一个碳碳三键的烃基。炔基可以被一个或多个基团取代，这些基团包括但不限于烷基、卤代烷基、烷氧基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、醛、氨基、羧酸、酯、醚、卤化物、羟基、酮、硝基、硅烷基、磺基-氧代、磺酰基、砜、亚砜或巯基，如下所述。

本文中使用的术语“芳基(aryl、)”是含有任何基于碳的芳基(aromatic group)的基团，包括但不限于苯、萘、苯基、联苯基、苯氧基苯等。术语“杂芳基”定义为含有具有至少一个并入芳基环内的杂原子的芳基的基团。杂原子的实例包括但不限于氮、氧、硫和磷。术语“非杂芳基”包括在术语“芳基”中，它定义含有不含杂原子的芳基的基团。芳基或杂芳基可以是取代的或未取代的。芳基或杂芳基可以被一个或多个基团取代，这些基团包括但不限于烷基、卤代烷基、烷氧基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、醛、氨基、羧酸、酯、醚、卤化物、羟基、酮、硝基、硅烷基、磺基-氧代、磺酰基、砜、亚砜或巯基，如下所述。术语“联芳基”是一种特定类型的芳基，并且包括在芳基的定义中。联芳基是指通过稠环结构(如在萘中)结合在一起或通过一个或多个碳碳键连接(如在联苯基中、)的两个芳基。

本文中使用的术语“环烷基”是由至少三个碳原子组成的基于非芳族碳的环。环烷基的实例包括但不限于环丙基、环丁基、环戊基、环己基等。术语“杂环烷基”是如上定义的环烷基，其中环的至少一个碳原子被杂原子(如但不限于氮、氧、硫或磷)取代。环烷基和杂环烷基可以是取代的或未取代的。环烷基和杂环烷基可以被一个或多个基团取代，这些基团包括但不限于烷基、烷氧基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、醛、氨基、羧酸、酯、醚、卤化物、羟基、酮、硝基、硅烷基、磺基-氧代、磺酰基、砜、亚砜或巯基，如下所述。

本文中使用的术语“环烯基”是由至少三个碳原子组成并且含有至少一个双键(即，C=C)的基于非芳族碳的环。环烯基的实例包括但不限于环丙烯基、环丁烯基、环戊烯基、环戊二烯基、环己烯基、环己二烯基等。术语“杂环烯基”是一类如上定义的环烯基，并且包括在术语“环烯基”的含义内，其中所述环的至少一个碳原子被杂原子(如但不限于氮、氧、硫或磷)取代。环烯基和杂环烯基可以是取代的或未取代的。环烯基和杂环烯基可以被一个或多个基团取代，这些基团包括但不限于烷基、烷氧基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、醛、氨基、羧酸、酯、醚、卤化物、羟基、酮、硝基、硅烷基、磺基-氧代、磺酰基、砜、亚砜或巯基，如下所述。

本文中使用的术语“环基”是指芳基、非芳基(即，环烷基、杂环烷基、环烯基和杂环烯基)或两者。环基具有一个或多个可以被取代的或未取代的环系统。环基可以含有一个或多个芳基、一个或多个非芳基，或一个或多个芳基和一个或多个非芳基。

本文中使用的术语“醛”由式-C(O)H表示。贯穿本说明书“C(O)”或“CO”是C=O的速记符号。

本文中使用的术语“胺”或“氨基”由式-NZ¹Z²表示，其中Z¹和Z²可以各自是本文中描述的取代基团，如上述的氢、烷基、卤代烷基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、环烷基、环烯基、杂环烷基或杂环烯基。

本文中使用的术语“羧酸”由式-C(O)OH表示。本文中使用的“羧酸根”或“羧基”由式-C(O)O-表示。

本文中使用的术语“酯”由式-OC(O)Z¹或-C(O)OZ¹表示，其中Z¹可以是上述的烷基、卤代烷基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、环烷基、环烯基、杂环烷基或杂环烯基。

本文中使用的术语“醚”由式Z¹OZ²表示，其中Z¹和Z²可以独立地是上述的烷基、卤代烷基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、环烷基、环烯基、杂环烷基或杂环烯基。

本文中使用的术语“酮”由式Z¹C(O)Z²表示，其中Z¹和Z²可以独立地是上述的烷基、卤代烷基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、环烷基、环烯基、杂环烷基或杂环烯基。

本文中使用的术语“卤化物”或“卤素”是指氟、氯、溴和碘。

本文中使用的术语“羟基”由式-OH表示。

本文中使用的术语“硝基”由式-NO₂表示。

本文中使用的术语“硅烷基”由式-SiZ¹Z²Z³表示，其中Z¹、Z²和Z³可以独立地是上述的氢、烷基、卤代烷基、烷氧基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、环烷基、环烯基、杂环烷基或杂环烯基。

本文中使用的术语“磺酰基”是指由式-S(O)₂Z¹表示的磺基-氧代基团，其中Z¹可以是上述的氢、烷基、卤代烷基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、环烷基、环烯基、杂环烷基或杂环烯基。

本文中使用的术语“磺酰氨基”或“磺酰胺”由式-S(O)₂NH-表示。

本文中使用的术语“巯基”由式-SH表示。

本文中使用的术语“硫基”由式-S-表示。

本文中使用的“R¹”、“R²”、“R³”、“Rⁿ”等，其中n是某个整数，可以独立地具有一个或多个上文列出的基团。例如，如果R¹是直链烷基，那么所述烷基的氢原子之一可以任选被羟基、烷氧基、胺基、烷基、卤化物等取代。取决于所选择的基团，可以将第一基团并入第二基团，或者第一基团可以悬挂(即，连接)在第二基团上。例如，对于短语“包含氨基的烷基”，所述氨基可以被并入烷基骨架内。或者，可以将氨基连接至烷基的骨架。所选择的基团的性质将决定第一基团是否被嵌入或连接至第二基团。

除非相反规定，否则化学键只以实线示出而不是以楔形或虚线示出的化学式涵盖各种可能的异构体，例如各对映异构体、非对映异构体和内消旋化合物，以及异构体的混合物，如外消旋或部分消旋(scalemic)的混合物。

现将详细参考公开的物质、化合物、组合物、物品和方法的特定方面，其实例在随附的实施例中说明。

化合物

本文中描述了细菌核糖核酸酶(RNA酶)的小分子抑制剂。第一组抑制剂包括由式I表示的化合物：

和其药学上可接受的盐和前药。

在式I中，Ar是取代的或未取代的芳基或取代的或未取代的杂芳基。在一些实例中，Ar是取代的或未取代的呋喃、取代的或未取代的噻吩或取代的或未取代的苯基。

同样在式I中，L是

或

X¹和X²可以各自独立地是O或S。在一些实例中，X¹是O并且X²是S。X³可以是CH₂或NH。在L中，表示在式I中碳原子连接到Ar或-CH₂O-。例如，根据式I的化合物可以由以下基于L的结构表示：

在结构I-A的一些实例中，X¹和X²可以是O并且X³可以是NH。

此外在式I中，R¹、R²、R³、R⁴、R⁵和R⁶各自独立地选自氢、卤素、羟基、氰基、硝基、取代的或未取代的氨基、取代的或未取代的烷基、取代的或未取代的杂烷基、取代的或未取代的烯基、取代的或未取代的杂烯基、取代的或未取代的炔基、取代的或未取代的杂炔基、取代的或未取代的芳基、取代的或未取代的杂芳基、取代的或未取代的烷氧基、取代的或未取代的芳氧基或取代的或未取代的羧基。在一些实例中，R¹和R²是甲基。在一些实例中，R³、R⁴、R⁵和R⁶是氢。

在式I中，相邻的R基团(例如R¹和R²；R³和R⁴；以及R⁵和R⁶)可以组合形成取代的或未取代的芳基、取代的或未取代的杂芳基、取代的或未取代的环烷基、取代的或未取代的环烯基、取代的或未取代的环炔基、取代的或未取代的杂环烷基、取代的或未取代的杂环烯基或取代的或未取代的杂环炔基。例如，R⁵可以是取代的或未取代的亚乙基并且R⁶可以是取代的或未取代的亚丙基，它们组合形成取代的或未取代的苯基。其它相邻的R基团包括R¹和R²与R³和R⁴的组合。

如上所述，式I中的Ar可以是呋喃。式I的这些实施方案可以包括以下结构I-D：

在式I的一些实例中，如果R¹和R²是甲基，R³、R⁴、R⁵和R⁶是氢，并且Ar是未取代的呋喃，那么L不是

式I的一个具体实例是化合物RNPA-2000：

第二组抑制剂包括由式II表示的化合物：

(II)

和其药学上可接受的盐和前药。

在式II中，A¹、A²、A³、A⁴和A⁵各自独立地选自N和CR^l。R¹选自氢、卤素、羟基、氰基、硝基、取代的或未取代的氨基、取代的或未取代的烷基、取代的或未取代的杂烷基、取代的或未取代的烯基、取代的或未取代的杂烯基、取代的或未取代的炔基、取代的或未取代的杂炔基、取代的或未取代的芳基、取代的或未取代的杂芳基、取代的或未取代的烷氧基、取代的或未取代的芳氧基或取代的或未取代的羧基。在一些实例中，A¹、A²、A³、A⁴和A⁵各自是CR^l。在一些实例中，A³是-CCl。

同样在式II中，R²和R³各自独立地选自氢、卤素、羟基、氰基、硝基、取代的或未取代的氨基、取代的或未取代的烷基、取代的或未取代的杂烷基、取代的或未取代的烯基、取代的或未取代的杂烯基、取代的或未取代的炔基、取代的或未取代的杂炔基、取代的或未取代的芳基、取代的或未取代的杂芳基、取代的或未取代的烷氧基、取代的或未取代的芳氧基或取代的或未取代的羧基。在一些实例中，R²和R³都是氢。

此外在式II中，R⁴选自氢、取代的或未取代的烷基、取代的或未取代的杂烷基、取代的或未取代的烯基、取代的或未取代的杂烯基、取代的或未取代的炔基或取代的或未取代的杂烷基。在一些实例中，R⁴含有羧酸。例如，R⁴可以是-CH₂CH₂CO₂H。在一些实例中，R⁴可以是取代的或未取代的芳基或取代的或未取代的杂芳基。这些实例可以由结构II-A表示：

结构II-A

在结构II-A中，A⁶、A⁷、A⁸、A⁹和A¹⁰各自独立地选自N和CR⁶。R⁶选自氢、卤素、羟基、氰基、硝基、取代的或未取代的氨基、取代的或未取代的烷基、取代的或未取代的杂烷基、取代的或未取代的烯基、取代的或未取代的杂烯基、取代的或未取代的炔基、取代的或未取代的杂炔基、取代的或未取代的芳基、取代的或未取代的杂芳基、取代的或未取代的烷氧基、取代的或未取代的芳氧基或取代的或未取代的羧基。

此外在式II中，Y是O、S或NR⁵。R⁵选自氢、取代的或未取代的烷基、取代的或未取代的杂烷基、取代的或未取代的烯基、取代的或未取代的杂烯基、取代的或未取代的炔基或取代的或未取代的杂烷基。在一些实例中，Y是S。这些实例可以由结构II-B表示：

任选地，Y可以是NR⁵。这些实例可以由结构II-C表示：

在式II中，相邻的R基团(例如两个相邻的R¹基团或R²和R³)可以组合形成取代的或未取代的芳基、取代的或未取代的杂芳基、取代的或未取代的环烷基、取代的或未取代的环烯基、取代的或未取代的环炔基、取代的或未取代的杂环烷基、取代的或未取代的杂环烯基或取代的或未取代的杂环炔基。例如，R²可以是取代的或未取代的亚乙基并且R³可以是取代的或未取代的亚丙基，它们组合形成取代的或未取代的苯基。

在式II的一些实例中，如果A¹、A²、A⁴和A⁵是CH，R²和R³是氢，A³是CCl，并且Y是S，那么R⁴不是-CH₂CH₂CO₂H。

式II的一个具体实例是化合物RNPA-3000：

药物组合物

可以在药物组合物中提供本文中描述的化合物或其衍生物。取决于预定的施用模式，药物组合物可以是固体、半固体或液体剂型的形式，例如像片剂、栓剂、丸剂、胶囊、散剂、液体或混悬液，优选是适于单次施用精确剂量的单位剂型。所述组合物将包括治疗有效量的本文中描述的化合物或其衍生物，联合药学上可接受的载体，并且此外可以包括其它药用剂、医药剂、载体或稀释剂。药学上可接受的表示不是生物学上或在其它方面不希望的物质，它可以连同选择的化合物一起向个体施用而不会以有害的方式与含有它的药物组合物的其它组分引起不可接受的生物作用或相互作用。

本文中使用的术语载体涵盖任何赋形剂、稀释剂、填料、盐、缓冲剂、稳定剂、增溶剂、脂质、稳定剂或本领域熟知的用于药物配制的其它物质。用于组合物的载体的选择取决于组合物的预定施用途径。含有这些物质的药学上可接受的载体和制剂的制备在例如University of the Sciences，Philadelphia，Lippincott，Williams&Wilkins，Philadelphia Pa.，2005编著的Remington′s Pharmaceutical Sciences，第21版中有描述。生理学上可接受的载体的实例包括缓冲液，如磷酸盐缓冲液、柠檬酸盐缓冲液和具有其它有机酸的缓冲液；抗氧化剂，包括抗坏血酸；低分子量(小于约10个残基)多肽；蛋白质，如血清白蛋白、明胶或免疫球蛋白；亲水性聚合物，如聚乙烯吡咯烷酮；氨基酸，如甘氨酸、谷氨酰胺、天门酰胺、精氨酸或赖氨酸；单糖、二糖和其它碳水化合物，包括葡萄糖、甘露糖或糊精；螯合剂，如EDTA；糖醇，如甘露醇或山梨糖醇；成盐反离子，如钠；和／或非离子型表面活性剂，如TWEEN^TM(ICI，Inc.；Bridgewater，New Jersey)、聚乙二醇(PEG)和PLURONICS^TM(BASF；Florham Park，NJ)。

适于肠外注射的含有本文中描述的化合物或其衍生物的组合物可以包含生理学上可接受的无菌水性或非水性溶液、分散液、混悬液或乳液，以及用于复原成无菌可注射溶液或分散液的无菌散剂。合适的水性和非水性载体、稀释剂、溶剂或煤介物的实例包括水、乙醇、多元醇(丙二醇、聚乙二醇、甘油等)、其合适的混合物、植物油(如橄榄油)和可注射的有机酯(如油酸乙酯)。可以如下维持适当的流动性：例如通过使用如卵磷脂的包衣、在分散液的情况下通过维持所需粒度，以及通过使用表面活性剂。

这些组合物还可以含有佐剂，如防腐剂、润湿剂、乳化剂和分散剂。防止微生物作用可以通过各种抗菌和抗真菌剂来促进，例如对羟基苯甲酸酯、氯丁醇、苯酚、山梨酸等。还可以包括等渗剂，例如糖、氯化钠等。可注射药物形式的长久吸收可以通过使用延迟吸收剂(例如，单硬脂酸铝和明胶)来实现。

用于口服施用本文中描述的化合物或其衍生物的固体剂型包括胶囊、片剂、丸剂、散剂和颗粒。在这些固体剂型中，本文中描述的化合物或其衍生物与以下混合：至少一种惰性的常用赋形剂(或载体)，如柠檬酸钠或磷酸二钙，或(a)填料或增量剂，例如淀粉、乳糖、蔗糖、葡萄糖、甘露醇和硅酸，(b)粘合剂，例如羧甲基纤维素、海藻酸盐(alignate)、明胶、聚乙烯吡咯烷酮、蔗糖和阿拉伯胶，(c)保湿剂，例如甘油，(d)崩解剂，例如琼脂、碳酸钙、马铃薯或木薯淀粉、海藻酸、某些复合硅酸盐，和碳酸钠，(e)溶液缓凝剂，例如石蜡，(f)吸收加速剂，例如季铵化合物，(g)润湿剂，例如十六醇和单硬脂酸甘油酯，(h)吸附剂，例如高岭土和膨润土，以及(i)润滑剂，例如滑石、硬脂酸钙、硬脂酸镁、固体聚乙二醇、十二烷基硫酸钠或其混合物。在胶囊、片剂和丸剂的情况下，剂型还可以包含缓冲剂。

相似类型的固体组合物还可以在使用如乳糖(lactose)或乳糖(milk sugar)以及高分子量聚乙二醇等的软填充和硬填充明胶胶囊中用作填料。

如片剂、糖衣丸、胶囊、丸剂和颗粒的固体剂型可以制备成具有包衣和壳，如肠溶衣和本领域熟知的其它物质。它们可以含有遮光剂并且也可以是在肠道某个部分以延迟的方式释放一种或多种活性化合物的那些组合物。可以使用的包埋组合物的实例是聚合物质和蜡。活性化合物也可以是微囊封形式，如果合适，可具有一种或多种上述赋形剂。

用于口服施用本文中描述的化合物或其衍生物的液体剂型包括药学上可接受的乳液、溶液、混悬液、糖浆和酏剂。除了活性化合物之外，液体剂型还可以含有本领域常用的惰性稀释剂，如水或其它溶剂、增溶剂和乳化剂，例如乙醇、异丙醇、碳酸乙酯、醋酸乙酯、苄醇、苯甲酸苄酯、丙二醇、1，3-丁二醇、二甲基甲酰胺，油类，具体来讲是棉籽油、花生油、玉米胚芽油、橄榄油、蓖麻油、芝麻油、甘油、四氢糠醇、聚乙二醇和失水山梨醇的脂肪酸酯，或这些物质的混合物等。

除了这些惰性稀释剂之外，所述组合物还可以包括其它试剂，如润湿剂、乳化剂、悬浮剂、甜味剂、调味剂或芳香剂。

除了活性化合物之外，混悬液还可以含有其它试剂，例如乙氧基化异十八醇、聚氧乙烯山梨糖醇和失水山梨醇酯、微晶纤维素、偏氢氧化铝、膨润土、琼脂和黄芪胶，或这些物质的混合物等。

用于直肠施用的本文中描述的化合物或其衍生物的组合物任选是栓剂，它可以通过使所述化合物与适合的无刺激性赋形剂或载体(如可可脂、聚乙二醇或栓剂蜡)混合来制备，它们在常温下是固体但是在体温是液体，因此在直肠或阴道腔中熔融并且释放活性组分。

用于表面施用本文中描述的化合物或其衍生物的剂型包括软膏、散剂、喷雾剂和吸入剂。本文中描述的化合物或其衍生物是在无菌条件下与生理学上可接受的载体和可能需要的任何防腐剂、缓冲剂或推进剂混合的。眼用制剂、软膏、散剂和溶液也涵盖在所述组合物的范畴之内。

所述组合物可以包括一种或多种本文中描述的化合物和药学上可接受的载体。本文中使用的术语药学上可接受的盐是指在合理的医学判断的范畴内的本文中描述的化合物或其衍生物的那些盐，它们适用于与受试者的组织接触而没有不当的毒性、刺激、过敏反应等，与合理的益处／风险比率相称，并且对于它们的预定用途来说有效，以及可能时是指本文中描述的化合物的两性离子形式。术语盐是指本文中描述的化合物的相对无毒的无机酸和有机酸加成盐。这些盐可以在分离和纯化所述化合物期间原位制备或通过单独使游离碱形式的纯化化合物与适合的有机酸或无机酸反应并分离因此形成的盐来制备。代表性的盐包括氢溴酸盐、盐酸盐、硫酸盐、硫酸氢盐、硝酸盐、醋酸盐、草酸盐、戊酸盐、油酸盐，棕榈酸盐、硬脂酸盐、月桂酸盐、硼酸盐、苯甲酸盐、乳酸盐、磷酸盐、甲苯磺酸盐、柠檬酸盐、马来酸盐、富马酸盐、琥珀酸盐、酒石酸盐、萘酸盐、甲磺酸盐、葡萄糖酸盐、乳糖酸盐、甲烷磺酸盐和十二烷基磺酸盐等。它们可以包括基于碱金属和碱土金属(如钠、锂、钾、钙、镁等)的阳离子，以及无毒的铵、季铵和胺阳离子，包括但不限于铵、四甲胺、四乙胺、甲胺、二甲胺、三甲胺、三乙胺、乙胺等(参见S.M.Barge等，J.Pharm.Sci.(1977)66,1，至少关于本文中教导的组合物，将所述参考文献以引用的方式整体并入本文)。

向受试者施用本文中描述的化合物和组合物或其药学上可接受的盐可以使用治疗有效量的本文中描述的化合物和组合物或本文描述的其药学上可接受的盐持续有效治疗病症的时间段来进行。

本文中描述的化合物和组合物或本文中描述的其药学上可接受的盐的有效量可以由一般技艺人士确定，并且对于哺乳动物来说包括每天每千克体重约0.5mg至约200mg活性化合物的示例性剂量，这可以用单次剂量或用单独的分次剂量的形式施用，如每天1至4次。或者，剂量可以是每天每千克体重约0.5mg至约150mg活性化合物、每天每千克体重约0.5mg至100mg活性化合物、每天每千克体重约0.5mg至约75mg活性化合物、每天每千克体重约0.5mg至约50mg活性化合物、每天每千克体重约0.5mg至约25mg活性化合物、每天每千克体重约1mg至约20mg活性化合物、每天每千克体重约1mg至约10mg活性化合物、每天每千克体重约20mg活性化合物、每天每千克体重约10mg活性化合物，或每天每千克体重约5mg活性化合物。当用于描述方法中化合物的量时，措辞有效量是指实现希望的药理学作用或其它作用的化合物的量，例如引起细菌酶抑制的量。

本领域技术人员将理解，对于任何具体的受试者来说，特定的剂量水平和给药频率可以改变，并且将取决于多种因素，包括所用的特定化合物的活性、那种化合物的代谢稳定性和作用时长、受试者的物种、年龄、体重、总的健康状况、性别和饮食、施用模式和时间、排泄率、药物组合和具体病状的严重度。

制备化合物的方法

如本领域技术人员所了解，本文中描述的化合物可以用有机合成领域技术人员已知的各种方式或其变化形式来制备。本文中描述的化合物可以从易得的起始物质制备。最优的反应条件可以随使用的具体反应物或溶剂而变，但是这些条件可以由本领域技术人员确定。

式I和式II的变化包括添加、去除或移动针对各化合物描述的各种组元(constituent)。类似地，当分子中存在一个或多个手性中心时，分子的手性可以变化。此外，化合物合成可能涉及各种化学基团的保护和脱保护。保护和脱保护的使用以及适当的保护基的选择可以由本领域技术人员确定。保护基化学可以见于例如Wuts和Greene，Protective Groups in Organic Synthesis，第4版，wiley&Sons，2006中，所述文献以引用的方式整体并入本文。

制备公开的化合物和组合物中使用的起始物质和试剂是从如以下的商业供应商购得：Aldrich Chemical Co.，(Milwaukee，WI)、Acros Organics(Morris Plains，NJ)、Fisher Scientific(Pittsburgh，PA)、Sigma(St.Louis，MO)、Pfizer(New York，NY)、GlaxoSmithKline(Raleigh，NC)、Merck(Whitehouse Station，NJ)、Johnson&Johnson(New Brunswick，NJ)、Aventis(Bridgewater，NJ)、AstraZeneca(Wilmington，DE)、Novartis(Basel，Switzerland)、Wyeth(Madison，NJ)、Bristol-Myers-Squibb(New York，NY)、Roche(Basel，Switzerland)、Lilly(Indianapolis，IN)、Abbott(Abbott Park，IL)、Schering Plough(KenilWorth，NJ)或Boehringer Ingelheim(Ingelheim，Germany)，或者是按照如以下的参考文献中阐述的程序，通过本领域技术人员已知的方法制备：Fieser and Fieser′s Reagents for Organic Synthesis，第1-17卷(John Wiley and Sons，1991)；Rodd′s Chemistry of Carbon Compounds，第1-5卷和增刊(Elsevier Science Publishers，1989)；Organic Reactions，第1-40卷(John wiley and Sons，1991)；March′s Advanced Organic Chemistry，(John Wiley and Sons，第4版)；和Larock′s Comprehensive Organic Transformations(VCH Publishers Inc.，1989)。其它物质，如本文中公开的药物载体可以从商业来源获得。

制备本文中描述的化合物的反应可以在溶剂中进行，溶剂可以由有机合成领域的技术人员选择。溶剂在反应进行的条件下(即，温度和压力)大致上不与起始物质(反应物)、中间体或产物起反应。反应可以在一种溶剂或一种以上溶剂的混合物中进行。产物或中间体形成可以根据本领域已知的任何适合的方法来监测。例如，产物形成可以通过光谱方法来监测，如核磁共振光谱法(例如¹H或¹³C)红外光谱法、分光光度法(例如UV-可见光)或质谱，或通过色谱法(如高效液相色谱法(HPLC)或薄层色谱法)来监测。

式I化合物可以从BOC保护的六氢哒嗪或吡唑啶起始物质(Zhang等，2003)，使用方案1中概述的易于平行合成的方法来制备。可以在顺序的第一步骤或第四步骤中引入多样性。

方案1：

式I的羟基酰亚胺化合物可以使用方案2中所示的方法制备。诺文格尔缩合(Knovenagal condensation)将提供所需的二酯中间体(Chikauchi等，2008)，它可以经由中间体马来酸酐转化为所需的N-羟基-马来酰亚胺(Sankawa和Shibata，1969)。额外的多样性可以通过采用铃木(Suzuki)化学(Selles，2004)的替代性合成方法来实现。

式I的其它实例可以根据方案3中所示的方法制备。依次用硫氰酸铵和适当的酰肼处理酰氯得到希望的靶标分子。平行合成技术可以用来通过逆转试剂的添加顺序来快速扩大这种支架的多样性(参见方案3)。用碘酸钾进行后续处理提供类似的二乙酰基酰肼。将检查增强效力的任何结构修饰，以及有前途的替代性螯合基。

方案3：

式II化合物可以使用在文献中可得的易于平行合成的通用程序来制备(参见方案4)。糠醛可以是购买的或在铃木条件下使用可商购的试剂糠醛-5-硼酸来制备。使所生成的中间体与受保护的绕丹宁(rhodanine)衍生物缩合，接着进行脱保护来提供倒数第二个中间体，所述中间体可以用各种亲电子剂处理得到RNPA3000类似物。

方案4：

可以采用类似策略来产生拥有呋喃部分的杂环生物电子等排体以及硫酮基噻唑烷环(thioxothiazolidine ring)的生物电子等排体的式II化合物(例如恶唑烷二酮经历类似的缩合(Simehen和Seigl，1992))。Cherbuliez等(1964)的通用合成程序可用来制备这些化合物(参见方案5)。N-芳基绕丹宁(N-Arylrhodanine)中间体可以通过苯异硫氰酸(phenylthioisocyanate)与巯基醋酸缩合来制备。如上在方案4中所描绘，用取代的糠醛处理得到希望的靶标分子。

方案5：

如方案6中所示，类似的顺序(Sahu等，1985)提供式II化合物。胺与异硫氰酸酯和氯代醋酸的缩合提供所需的倒数第二个中间体，所述中间体可以通过用取代的糠醛处理来转化为希望的最终靶标化合物。

方案6：

活性测定

本文中提供鉴别用于治疗或预防微生物感染的化合物的方法。所述方法可以包括制备本文中描述的化合物或组合物以及测定所述化合物或组合物针对细菌核糖核酸酶(如RNA酶P)的抑制活性。RNA酶P是一种普遍存在的酶，它催化前体tRNA的5′端的成熟(参见Frank等，Annu Rev Biochem，67：153-180(1998)；Kazantsev等，Nat Rev Microbiol，4：729-740(2006)；Walker等，Crit Rev Biochem Mol Biol，41：77-102(2006))。所述酶由于是一种核糖核蛋白复合物(它包括单个核糖酶RNA分子和至少一种蛋白质组分)的这一事实，所以是独特的。在细菌内，核糖酶(rnpB)和蛋白质(RnpA)组分都是细胞活力所需要的；rnpB在体外介导tRNA加工，而RnpA还没有稳固确立功能(参见Gossringer等，J Bacteriol，188：6816-6823(2006)；Schedl等，Proc Natl Acad Sci USA，70：2091-2095(1973)；Waugh等，JBacteriol，172：6316-6322(1990))。域检索(参见Letunic等，Nucleic Acids Res，34：D257-260(2006)；Schultz等，Proc Natl Acad SciUSA，95：5857-5864(1998))揭示金黄色葡萄球菌RnpA残基40-111与核糖核酸酶样基序最一致。此外，一些RNA结合位点包埋在这个区域内(参见Spitzfaden等，J Mol Biol，295：105-115(2000))。已经发现大肠杆菌和枯草杆菌RNA酶P消化某些双股RNA模板，如向导RNA和4.5s RNA(参见Lundblad等，Proc Natl Acad Sci U S A，105：2354-2357(2008))。那些模板的裂解严格地需要RnpA(参见Liu等，Cell，77：1093-1100(1994)；Marvin等，J Cell Blochem，108：1244-1251(2009))。如本文中提供的，RNA酶P介导的RNA消化可能取决于rnpB、RnpA或两者。因此，RnpA调控金黄色葡萄球菌RNA降解。

RNA降解可用于鉴别适合抑制细菌核糖核酸酶，因此适用于治疗或预防微生物感染的化合物。在一些实施方案中，可以使用基于荧光的测定来鉴别所述化合物。所述方法可以包括以下步骤：组合RNA、RnpA和荧光染料来形成混合物，使所述混合物与所述化合物接触，以及使用荧光监测细胞中RnpA介导的总细菌RNA降解。与对照相比，荧光降低指示RNA降解。本文中使用的减少的荧光是指与对照相比荧光降低至少约1％。例如，荧光减少可以是与对照相比，荧光减少至少约5％、至少约10％、

小分子RNA酶抑制剂和使用方法专利购买费用说明